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Il batterio Stenotrophomonas maltophilia č di particolare interesse scientifico in quanto presenta ceppi dalle caratteristiche molto diverse. A ceppi isolati da pazienti, con caratteristiche di patogeni opportunisti resistenti a diversi antibiotici, si affiancano ceppi ambientali, spesso in grado di stabilire simbiosi con varie specie di vegetali.

Dopo la conclusione del sequenziamento di un primo genoma di questo batterio (attualmente in fase di pubblicazione) sono ora in corso le analisi bioinformatiche di comparazione tra il ceppo sequenziato e quelli presenti in banca dati. Di particolare interesse č la determinazione delle specifiche caratteristiche che differenziano i ceppi di tipo ambientale dai ceppi di interesse clinico, con l'obbiettivo di identificare i determinanti del fenotipo patogeno.