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 Illumina MiSeq

Il team di epidemiologia genomica ha in dotazione un sequenziatore Illumina MiSeq. La tecnologia Illumina fa parte delle cosìdette tecnologie di sequenziamento di seconda generazione, ovvero in grado di produrre parallelamente decine di milioni di read di breve lunghezza (massimo 300bp). Il sequenziatore MiSeq, in particolare, permette di ottenere 10-15 genomi batterici ad alta qualità. Tramite le collaborazioni, il team ha la possibilità di sequenziare in outsourcing, utilizzando macchinari con la stessa tecnologia ma capacità di throuput superiori.

 Oxford Nanopore Technologies MinION

La tecnologia Oxford Nanopore Technologies (ONT) non si basa sulla sintesi enzimatica del DNA come per la maggior parte dei sequenziatori in commercio, ma sul passaggio dei filamenti di acidi nucleici attraverso un poro proteico. Questo metodo permette di ottenere read di decine di migliaia di basi in lunghezza e quindi di ottenere genomi "completi", ovvero in un unica sequenza. Questa tecnologia è particolarmente utile per studiare i riarrangiamenti genomici e i plasmidi, che sono spesso i portatori dei fattori di resistenza antibiotica. Un'altra caratteristica di ONT è la semplicità e rapidità d'uso, oltre alla possibilità di operare sulle sequenze anche mentre il sequenziamento è ancora in corso. Questo offre molte possibilità in vista dell'utilizzo diagnostico del sequenziamento genomico. Il team di epidemiologia genomica ha in dotazione un sequenziatore MinION.